Proses seleksi calon mahasiswa Doktor Bioteknologi dilakukan secara online dan terintegrasi melalui system Seleksi Masuk Universitas Padjadjaran (SMUP) yang di laksanakan secara terpusat dan independent oleh tim SMUP yang bekerjasama dengan unit-unit kerja yang terkait di bawahnya. Dalam satu tahun dibuka dua kali gelombang seleksi, yaitu Gelombang 1 seleksi semester ganjil dan Gelombang 2 seleksi untuk semester genap. Di setiap gelombang dilakukan tiga kali sesi seleksi. Semua persaratan calon mahasiswa yang diperlukan, proses pendaftaran dan persyaratan khusus yang diperlukan, semua tertulis dan bisa diakses oleh public dari laman http://smup.unpad.ac.id/.

Doktor Biotek menerima calon mahasiswa dari semua lulusan program sarjana yang terakreditasi oleh BAN PT/LAM-PTKes atau lulusan pada level 8 sesuai KKNI. Selain itu  calon mahasiswa harus mempunyai sertifikat Tes Kemampuan Akademik (TKA) dari dengan nilai minimal 500 serta memiliki sertifikat Tes Kemampuan Bahasa Inggris (TKBI) berupa TOEFL/IELTS dengan nilai minimal 500/6.

Calon mahasiswa yang mempunyai publikasi ilmiah di jurnal internasional bereputasi (Q1) menurut SJR : Scientific Journal Rankings – SCImago sebagai penulis pertama, tidak diwajibkan memiliki dan mengupload nilai TPA dan TKBI ketika mendaftar. Untuk memperdalam penilaian sisi keilmuan dan memperdalam rencana studi calon mahasiswa, maka dilakukan interview kepada semua calon mahasiswa dengan kewajiban untuk mempresentasikan rencana studi dan kajian risetnya.

Seleksi dilakukan dua tahap yaitu seleksi administrasi kelengkapan persaratan umum yang dilakukan di tingkat Universitas oleh Tim SMUP dan selanjutnya seleksi di tingkat Fakultas berupa interview untuk menilai motivasi dan wawasannya secara akademik serta rencana riset yang akan dilakukan.

Dekan dan Kaprodi selanjutnya akan merekomendasikan calon untuk diterima atau tidak. Selanjutnya Rektor akan mengeluarkan surat keputusan kelulusan untuk para peserta. Semua pengumuman dilakukan di WEB pengumuman SMUP yang bisa diakses secara online http://pengumuman.unpad.ac.id/home.

Seleksi untuk mahasiswa asing dilakukan oleh tim SMUP bekerjasama dengan Kantor Urusan Internasional – KUI (International Ofiice) Universitas. KUI mengkoordinir mulai pendaftaran sampai seleksi bersama Ketua Program Studi terkait.